Durant le 19° siècle, on a mis au jour des vestiges gallo romain sur le territoire de la commune de Cottenchy. On a en effet découvert la présence d’une villa Gallo romaine, ainsi que le reste d’un cimetière de la même époque. Ces découvertes montrent l’ancienneté de l’implantation humaine dans la commune.
La carte de Cassini donne une image des éléments essentiels constituant le site avant l’urbanisation, l’essor de l’agriculture et l’implantation des infrastructures routières. Le site est nettement marqué par la présence de la Noye et les forêts.
Malgré le pillage et l’incendie du village par les espagnols en 1653, Cottenchy présente des éléments du passé particulièrement intéressants :
- L’école et la mairie qui datent du XIXème siècle ;
- L’église du XVème siècle ;
- Moulin du Château. Celui-ci est en état de fonctionnement et se situe sur les bords de Noye. Il est un des sujets des peintres régionaux ;
- La commune a compté jusqu’à 4 moulins sur le territoire communal (voir notre page « patrimoine – Les Moulins de Cottenchy et du Val-de-Noye).
- Quelques maisons particulièrement remarquables.
Un second site d’implantation apparaît au nord de la commune sur l’actuel site du lycée du Paraclet : le paraclet des champs. C’est au début du XIIème siècle qu’Enguerrand II de Boves fonde une abbaye cistercienne pour une de ses filles. Ce choix d’implantation contribuera à renforcer la légende de Ste Ulphe. Outre son intérêt religieux, le site présente des avantages évidents : la richesse des terres agricoles, présence des bois et de la Noye pour la pêche sont des atouts qui contribueront à la richesse de l’abbaye. Avec l’invasion espagnole, les religieuses quittent l’abbaye au XVIIème siècle. Ce n’est qu’en 1885, sur les vestiges de l’abbaye, qu’une école d’agriculture voit le jour sur le site.
Le bâtiment central qui abrite aujourd’hui des salles de cours et des salles de réunion est le seul vestige de l’abbaye cistercienne du Paraclet. De plus, le lycée dispose d’une chapelle dédiée à sainte Ulphe. La chapelle fut déplacée de Fouencamps (son lieu de construction) à Cottenchy en 1990.
Des réseaux de transport vont également se développer au cours du XIXème siècle :
- la voie ferrée à l’est de Cottenchy sur la rive de la Noye ;
- le réseau routier avec en particulier, la voie longeant la vallée de la Noye.
Durant la seconde guerre mondiale la commune a abrité un personnage qui est aujourd’hui le symbole de la résistance aux allemands. En mai 1941, Jean Moulin se rend à Cottenchy et résidera chez son ami le docteur Antonin Mans. La guerre venue, Jean Moulin, alors Préfet d’Eure et Loire, en poste à Chartres, refuse lors de l’occupation de sa ville par les Allemands, de signer un document accusant les troupes sénégalaises des exactions commises par les troupes SS.
Torturé et craignant de céder sous la souffrance, il tente de se suicider en s’entaillant les veines du cou. A la suite de cet épisode le Docteur Mans (lui aussi résistant) invitera Jean Moulin à son domicile le temps que celui ci reprenne des forces et rejoigne le midi puis l’Angleterre.